The Fungal Nutritional ENCODE Project
| Neurospora crassa, ein Modellsystem für filamentöse Pilze, ist als Pionierorganismus z.B. nach Waldbränden auf verbrannten Baumstämmen zu finden und kann lignozellulosische Biomasse gut als alleiniges Substrat verwenden. Filamentöse Pilze sind von besonderem Interesse für die Bioenergie Forschung, da sie dazu beitragen können, Abbauprozesse von pflanzlichem Material besser zu verstehen, was von enormer Wichtigkeit ist für die Produktion von Biokraftstoffen der 2. Generation. Mithilfe eines Systeomik-Ansatzes macht sich dieses Projekt die genetischen Ressourcen von Neurospora zu Nutze, um ein hochauflösendes Modell der Genregulation auf Ebene des gesamten Genoms zu erstellen und Vorhersagen zu ermöglichen, wie Mikroorganismen zielgerichtet für industrielle Zwecke konstruiert werden können. Das Ziel ist die Regulation von Ernährungsprozessen in einer Weise darstellen zu können, die es erlaubt, die Funktion neu entdeckter regulatorischer Faktoren zu beschreiben und co-regulierte Gene zu finden, die an der Umsetzung von Biomasse beteiligt sind. Es wird erwartet, dass das Projekt auch dazu beiträgt die Genomannotation von Neurospora sowie weiterer bereits sequenzierter und gerade in der Sequenzierung befindlicher Pilze zu verbessern, wie z.B. derer, die Teil des „1000 Fungal Genomes“ Projekts des Joint Genome Institutes sind. | |
| Laufzeit | 2013 - 2016 |
| Bearbeitung | N. Louise Glass (UC Berkeley), Jay Dunlap (Dartmouth Medical School), Eric Selker (U Oregon), Deborah Bell-Pedersen (Texas A&M), Michael Freitag (Oregon State), Matt Sachs (Texas A&M), John Taylor (UC Berkeley), Monika Schmoll (Austrian Inst. of Technology), Scott Baker (EMSL), J. Philipp Benz (TUM), Rachel Brem (UC Berkeley), Daniel K. Nomura (UC Berkeley), Igor Grigoriev (JGI), Nathan Price (Inst. of Systems Biology |
| Webseite | JGI |
| Finanzierung | U.S. Department of Energy Joint Genome Institute (DOE JGI) |
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| Fördervolumen | Es handelt sich um ein Community Sequencing Projekt |
Publikationen
- Wu, VW, Thieme N, Huberman LB, Dietschmann A, Bleek E, Kowbel DJ, Lee J, Calhoun S, Singan V, Lipzen A, Xiong Y, Monti R, Blow MJ, O’Malley RC, Grigoriev IV, Benz JP, Glass NL, 2020. The regulatory and transcriptional landscape associated with carbon utilization in a filamentous fungus. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117 (11): 6003-6013. doi: 10.1073/pnas.1915611117
- Samal A, Craig JP, Coradetti ST, Benz JP, Eddy JA, Price ND, Glass NL, 2017. Network Reconstruction and Systems Analysis of Plant Cell Wall Deconstruction by Neurospora crassa. Biotechnology for Biofuels, 10:225. doi: 10.1186/s13068-017-0901-2
- Thieme N, Wu VW, Dietschmann A, Salamov AA, Wang M, Johnson J, Singan VR, Grigoriev IV, Glass NL, Somerville CR, Benz JP, 2017. The transcription factor PDR-1 is a multi-functional regulator and key component of pectin deconstruction and catabolism in Neurospora crassa. Biotechnology for Biofuels, 10:149. doi: 10.1186/s13068-017-0807-z
- Seibert T, Thieme N, Benz JP, 2016. The renaissance of Neurospora crassa – How a classical model system is used for applied research. In Fungal Biology; Gene Expression Systems in Fungi: Advancements and Applications (Schmoll M & Dattenböck C, eds.), Springer International Publishing: 59-96. doi: 10.1007/978-3-319-27951-0_3